Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

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• accept() : LinearGradient
• add() : List, XMLAttributes, XMLNamespaces
• addAdditionalDir() : SBMLFileResolver
• addAdditionalGraphicalObject() : Layout
• addAdjacentDomains() : Geometry, ListOfAdjacentDomains
• addAnalyticVolume() : AnalyticGeometry, ListOfAnalyticVolumes
• addAssociation() : Association, FbcAnd, FbcOr
• addAttr() : XMLToken
• addCallback() : CallbackRegistry
• addChild() : ASTNode, XMLNode
• addChildElement() : RenderGroup
• addColorDefinition() : ListOfColorDefinitions, RenderInformationBase
• addCompartmentGlyph() : Layout
• addCompartmentReference() : MultiCompartmentPlugin
• addConstraint() : CompValidator, DistribValidator, FbcValidator, GroupsValidator, LayoutValidator, MultiValidator, QualValidator, RenderValidator, SpatialValidator, Validator
• addConverter() : SBMLConverterRegistry
• addCoordinateComponent() : Geometry, ListOfCoordinateComponents
• addCreator() : ModelHistory
• addCSGNode() : CSGSetOperator, ListOfCSGNodes
• addCSGObject() : CSGeometry, ListOfCSGObjects
• addCurveSegment() : Curve
• addCVTerm() : SBase
• addDash() : GraphicalPrimitive1D
• addDefinitionURL() : DefinitionURLRegistry
• addDeletion() : Submodel
• addDomain() : Geometry, ListOfDomains
• addDomainType() : Geometry, ListOfDomainTypes
• addElement() : Polygon, RenderCurve, RenderGroup
• addEventAssignment() : Event
• addExpectedAttributes() : Transition
• addExtension() : SBMLExtensionRegistry
• addExternalModelDefinition() : CompSBMLDocumentPlugin
• addFbcAssociation() : ListOfFbcAssociations
• addFluxBound() : FbcModelPlugin
• addFluxObjective() : ListOfFluxObjectives, Objective
• addFunctionTerm() : Transition
• addGene() : Association
• addGeneAssociation() : FbcModelPlugin
• addGeneProduct() : FbcModelPlugin, ListOfGeneProducts
• addGeneralGlyph() : Layout
• addGeometryDefinition() : Geometry, ListOfGeometryDefinitions, MixedGeometry
• addGlobalRenderInformation() : ListOfGlobalRenderInformation, RenderListOfLayoutsPlugin
• addGlobalStyle() : GlobalRenderInformation, ListOfGlobalStyles
• addGradientBase() : ListOfGradientDefinitions
• addGradientDefinition() : RenderInformationBase
• addGradientStop() : GradientBase, ListOfGradientStops
• addGroup() : GroupsModelPlugin, ListOfGroups
• addId() : LocalStyle
• addInput() : Transition
• addInSpeciesTypeBond() : MultiSpeciesType
• addInteriorPoint() : Domain, ListOfInteriorPoints
• addKeyValuePair() : FbcSBasePlugin, ListOfKeyValuePairs
• addL2Namespaces() : LayoutExtension, RenderExtension, SBMLExtension, SBMLExtensionRegistry
• addLayout() : LayoutModelPlugin
• addLineEnding() : ListOfLineEndings, RenderInformationBase
• addLocalParameter() : KineticLaw
• addLocalRenderInformation() : ListOfLocalRenderInformation, RenderLayoutPlugin
• addLocalStyle() : ListOfLocalStyles, LocalRenderInformation
• addMember() : Group, ListOfMembers
• addModelDefinition() : CompSBMLDocumentPlugin
• addModifiedDate() : ModelHistory, SBase
• addModifier() : Reaction
• addMultiSpeciesType() : MultiModelPlugin
• addNamespace() : SBMLNamespaces, XMLToken
• addNamespaces() : SBMLNamespaces
• addNestedCVTerm() : CVTerm
• addObjective() : FbcModelPlugin, ListOfObjectives
• addOption() : ConversionProperties
• addOrdinalMapping() : ListOfOrdinalMappings, MixedGeometry
• addOutput() : Transition
• addOutwardBindingSite() : MultiSpeciesPlugin
• addOwnedSBMLDocument() : SBMLResolverRegistry
• addPackageNamespace() : SBMLNamespaces
• addPackageNamespaces() : SBMLNamespaces
• addParameter() : KineticLaw
• addParametricObject() : ListOfParametricObjects, ParametricGeometry
• addPort() : CompModelPlugin
• addPossibleSpeciesFeatureValue() : SpeciesFeatureType
• addProduct() : Reaction
• addReactant() : Reaction
• addReactionGlyph() : Layout
• addReferenceGlyph() : GeneralGlyph
• addRenderPoint() : ListOfCurveElements
• addReplacedElement() : CompSBasePlugin
• addResolver() : SBMLResolverRegistry
• addResource() : CVTerm
• addRole() : Style
• addSampledField() : Geometry, ListOfSampledFields
• addSampledVolume() : ListOfSampledVolumes, SampledFieldGeometry
• addSBMLDefinitions() : DefinitionURLRegistry
• addSemanticsAnnotation() : ASTNode
• addSpeciesFeature() : MultiSpeciesPlugin
• addSpeciesFeatureType() : MultiSpeciesType
• addSpeciesFeatureValue() : SpeciesFeature
• addSpeciesGlyph() : Layout
• addSpeciesReferenceGlyph() : ReactionGlyph
• addSpeciesTypeComponentIndex() : MultiSpeciesType
• addSpeciesTypeComponentMapInProduct() : MultiSpeciesReferencePlugin
• addSpeciesTypeInstance() : MultiSpeciesType
• addStyle() : GlobalRenderInformation, LocalRenderInformation
• addSubGlyph() : GeneralGlyph
• addSubListOfSpeciesFeatures() : ListOfSpeciesFeatures, MultiSpeciesPlugin
• addSubmodel() : CompModelPlugin
• addTextGlyph() : Layout
• addTransformation2D() : ListOfDrawables
• addType() : Style
• addUncertainty() : DistribSBasePlugin, ListOfUncertainties
• addUncertParameter() : ListOfUncertParameters, Uncertainty, UncertParameter
• addUncertSpan() : ListOfUncertParameters, Uncertainty, UncertParameter
• addUnit() : UnitDefinition
• addUserDefinedConstraint() : FbcModelPlugin, ListOfUserDefinedConstraints
• addUserDefinedConstraintComponent() : ListOfUserDefinedConstraintComponents, UserDefinedConstraint
• AdjacentDomains() : AdjacentDomains
• AdvectionCoefficient() : AdvectionCoefficient
• AlgebraicRule() : AlgebraicRule
• allowedInFunctionDefinition() : DistribASTPlugin
• AnalyticGeometry() : AnalyticGeometry
• AnalyticVolume() : AnalyticVolume
• append() : ListOf, XMLToken
• appendAndOwn() : ListOf
• appendAnnotation() : SBase, SpeciesReference
• appendFrom() : CompModelPlugin, ListOf, ListOfObjectives
• appendNotes() : SBase
• areEquivalent() : Unit, UnitDefinition
• areIdentical() : Unit, UnitDefinition
• AssignmentRule() : AssignmentRule
• Association() : Association
• ASTNode() : ASTNode