Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- g -

• GeneAssociation() : GeneAssociation
• GeneProduct() : GeneProduct
• GeneProductAssociation : FbcAssociation, GeneProductAssociation
• GeneProductRef() : GeneProductRef
• GeneralGlyph() : GeneralGlyph
• Geometry() : Geometry
• GeometryDefinition() : GeometryDefinition
• get() : List, ListOf, ListOfAdjacentDomains, ListOfAnalyticVolumes, ListOfColorDefinitions, ListOfCompartmentGlyphs, ListOfCompartmentReferences, ListOfCompartments, ListOfCompartmentTypes, ListOfConstraints, ListOfCoordinateComponents, ListOfCSGNodes, ListOfCSGObjects, ListOfCurveElements, ListOfDeletions, ListOfDomains, ListOfDomainTypes, ListOfDrawables, ListOfEventAssignments, ListOfEvents, ListOfExternalModelDefinitions, ListOfFbcAssociations, ListOfFluxBounds, ListOfFluxObjectives, ListOfFunctionDefinitions, ListOfFunctionTerms, ListOfGeneAssociations, ListOfGeneProducts, ListOfGeometryDefinitions, ListOfGlobalRenderInformation, ListOfGlobalStyles, ListOfGradientDefinitions, ListOfGradientStops, ListOfGraphicalObjects, ListOfGroups, ListOfInitialAssignments, ListOfInputs, ListOfInSpeciesTypeBonds, ListOfInteriorPoints, ListOfKeyValuePairs, ListOfLayouts, ListOfLineEndings, ListOfLineSegments, ListOfLocalParameters, ListOfLocalRenderInformation, ListOfLocalStyles, ListOfMembers, ListOfModelDefinitions, ListOfMultiSpeciesTypes, ListOfObjectives, ListOfOrdinalMappings, ListOfOutputs, ListOfOutwardBindingSites, ListOfParameters, ListOfParametricObjects, ListOfPorts, ListOfPossibleSpeciesFeatureValues, ListOfQualitativeSpecies, ListOfReactionGlyphs, ListOfReactions, ListOfReferenceGlyphs, ListOfReplacedElements, ListOfRules, ListOfSampledFields, ListOfSampledVolumes, ListOfSpecies, ListOfSpeciesFeatures, ListOfSpeciesFeatureTypes, ListOfSpeciesFeatureValues, ListOfSpeciesGlyphs, ListOfSpeciesReferenceGlyphs, ListOfSpeciesReferences, ListOfSpeciesTypeComponentIndexes, ListOfSpeciesTypeComponentMapInProducts, ListOfSpeciesTypeInstances, ListOfSpeciesTypes, ListOfSubmodels, ListOfTextGlyphs, ListOfTransitions, ListOfUncertainties, ListOfUncertParameters, ListOfUnitDefinitions, ListOfUnits, ListOfUserDefinedConstraintComponents, ListOfUserDefinedConstraints, SubListOfSpeciesFeatures
• getAbsoluteValue() : RelAbsVector
• getActiveObjective() : FbcModelPlugin, ListOfObjectives
• getActiveObjectiveId() : FbcModelPlugin
• getActualArrayDataLength() : SpatialPoints
• getActualComponentsLength() : TransformationComponent
• getActualPointIndexLength() : ParametricObject
• getActualSamplesLength() : SampledField
• getAddDefaultUnits() : SBMLLevelVersionConverter
• getAdditionalGraphicalObject() : Layout
• getAdjacentDomains() : Geometry
• getAdjacentDomainsByDomain1() : Geometry
• getAdjacentDomainsByDomain2() : Geometry
• getAdvectionCoefficient() : SpatialParameterPlugin
• getAllElements() : AnalyticGeometry, BoundingBox, CompModelPlugin, CompSBasePlugin, CompSBMLDocumentPlugin, CoordinateComponent, CSGeometry, CSGHomogeneousTransformation, CSGObject, CSGSetOperator, CSGTransformation, CubicBezier, Curve, DistribSBasePlugin, Domain, Event, FbcAnd, FbcModelPlugin, FbcOr, FbcReactionPlugin, FbcSBasePlugin, GeneProductAssociation, GeneralGlyph, Geometry, GlobalRenderInformation, GradientBase, GraphicalObject, Group, GroupsModelPlugin, KineticLaw, Layout, LayoutModelPlugin, LineEnding, LineSegment, ListOf, ListOfFunctionTerms, ListOfGlobalRenderInformation, ListOfLocalRenderInformation, LocalRenderInformation, MixedGeometry, MultiCompartmentPlugin, MultiModelPlugin, MultiSimpleSpeciesReferencePlugin, MultiSpeciesPlugin, MultiSpeciesReferencePlugin, MultiSpeciesType, Objective, ParametricGeometry, Polygon, Reaction, ReactionGlyph, ReferenceGlyph, RenderCurve, RenderGroup, RenderInformationBase, RenderLayoutPlugin, RenderListOfLayoutsPlugin, SampledFieldGeometry, SBase, SBasePlugin, SBaseRef, SBMLDocument, SpatialCompartmentPlugin, SpatialModelPlugin, SpatialParameterPlugin, SpeciesFeature, SpeciesFeatureType, SpeciesReferenceGlyph, Style, Submodel, Transition, Uncertainty, UncertParameter, UnitDefinition, UserDefinedConstraint
• getAllElementsFromPlugins() : SBase
• getAllInstantiatedElements() : Submodel
• getAllRegisteredPackageNames() : SBMLExtensionRegistry
• getAlpha() : ColorDefinition
• getAnalyticVolume() : AnalyticGeometry
• getAnalyticVolumeByDomainType() : AnalyticGeometry
• getAncestorOfType() : SBase
• getAnnotation() : SBase
• getAnnotationString() : SBase
• getApplicableValidators() : SBMLInternalValidator
• getArgument() : FunctionDefinition
• getArrayData() : SpatialPoints
• getArrayDataLength() : SpatialPoints
• getAssociatedSpecies() : GeneProduct
• getAssociation() : FbcAnd, FbcOr, GeneAssociation, GeneProductAssociation
• getASTPlugin() : ASTNode, SBMLExtensionRegistry
• getASTPlugins() : SBMLExtensionRegistry
• getAttributes() : XMLToken
• getAttributesLength() : XMLToken
• getAttrIndex() : XMLToken
• getAttrName() : XMLToken
• getAttrPrefix() : XMLToken
• getAttrPrefixedName() : XMLToken
• getAttrURI() : XMLToken
• getAttrValue() : XMLToken
• getBackgroundColor() : DefaultValues, RenderInformationBase
• getBasePoint1() : CubicBezier
• getBasePoint1_x() : RenderCubicBezier
• getBasePoint1_y() : RenderCubicBezier
• getBasePoint1_z() : RenderCubicBezier
• getBasePoint2() : CubicBezier
• getBasePoint2_x() : RenderCubicBezier
• getBasePoint2_y() : RenderCubicBezier
• getBasePoint2_z() : RenderCubicBezier
• getBindingSite1() : InSpeciesTypeBond
• getBindingSite2() : InSpeciesTypeBond
• getBindingStatus() : OutwardBindingSite
• getBiologicalQualifierType() : CVTerm
• getBlue() : ColorDefinition
• getBody() : FunctionDefinition
• getBoolValue() : ConversionOption, ConversionProperties
• getBoundaryCondition() : SpatialParameterPlugin, Species
• getBoundaryDomainType() : BoundaryCondition
• getBoundaryMax() : CoordinateComponent
• getBoundaryMin() : CoordinateComponent
• getBoundingBox() : GraphicalObject, LineEnding
• getBoundingBoxExplicitlySet() : GraphicalObject
• getByDomain1() : ListOfAdjacentDomains
• getByDomain2() : ListOfAdjacentDomains
• getByDomainType() : ListOfAnalyticVolumes, ListOfCSGObjects, ListOfDomains, ListOfParametricObjects, ListOfSampledVolumes
• getByGeometryDefinition() : ListOfOrdinalMappings
• getByIdRef() : ListOfMembers
• getByLowerBound() : ListOfUserDefinedConstraints
• getBySpecies() : ListOfInputs, ListOfOutputs
• getByType() : ListOfUncertParameters
• getByUpperBound() : ListOfUserDefinedConstraints
• getByVar() : ListOfUncertParameters
• getByVariable() : ListOfUserDefinedConstraintComponents
• getCategory() : FbcExtension, Validator, XMLError
• getCategoryAsString() : XMLError
• getCenterX() : RadialGradient
• getCenterY() : RadialGradient
• getCenterZ() : RadialGradient
• getCharacter() : ASTNode
• getCharacters() : XMLToken
• getCharge() : FbcSpeciesPlugin, Species
• getChargeAsDouble() : FbcSpeciesPlugin
• getChemicalFormula() : FbcSpeciesPlugin
• getChild() : ASTNode, XMLNode
• getClass() : ASTNode
• getCoeff() : SBMLRateRuleConverter
• getCoefficient() : FluxObjective, UserDefinedConstraintComponent
• getColorDefinition() : RenderInformationBase
• getColumn() : SBase, XMLError, XMLToken
• getComparisonCaseSensitivity() : L3ParserSettings
• getCompartment() : CompartmentReference, MultiSpeciesType, QualitativeSpecies, Reaction, Species
• getCompartmentGlyph() : Layout
• getCompartmentId() : CompartmentGlyph
• getCompartmentMapping() : SpatialCompartmentPlugin
• getCompartmentReference() : MultiCompartmentPlugin, MultiSimpleSpeciesReferencePlugin, SpeciesTypeInstance
• getCompartmentType() : Compartment, MultiCompartmentPlugin
• getComplementA() : CSGSetOperator
• getComplementB() : CSGSetOperator
• getComponent() : OutwardBindingSite, SpeciesFeature, SpeciesTypeComponentIndex, SubListOfSpeciesFeatures
• getComponents() : TransformationComponent
• getComponentsLength() : TransformationComponent
• getCompression() : ParametricObject, SampledField, SpatialPoints
• getCompressionAsString() : ParametricObject, SampledField, SpatialPoints
• getConstant() : Compartment, Parameter, QualitativeSpecies, Species, SpeciesReference
• getConversionFactor() : ReplacedElement, Species
• getConversionValidators() : SBMLInternalValidator
• getConverterByIndex() : SBMLConverterRegistry
• getConverterFor() : SBMLConverterRegistry
• getCoord1() : InteriorPoint
• getCoord2() : InteriorPoint
• getCoord3() : InteriorPoint
• getCoordinate() : AdvectionCoefficient, RelAbsVector
• getCoordinateAsString() : AdvectionCoefficient
• getCoordinateBoundary() : BoundaryCondition
• getCoordinateComponent() : Geometry
• getCoordinateComponentByKind() : Geometry
• getCoordinateReference1() : DiffusionCoefficient
• getCoordinateReference1AsString() : DiffusionCoefficient
• getCoordinateReference2() : DiffusionCoefficient
• getCoordinateReference2AsString() : DiffusionCoefficient
• getCoordinateSystem() : Geometry
• getCoordinateSystemAsString() : Geometry
• getCoreDefinitionsAdded() : DefinitionURLRegistry
• getCreatedDate() : ModelHistory, SBase
• getCreator() : ModelHistory
• getCSGNode() : CSGObject, CSGSetOperator, CSGTransformation
• getCSGObject() : CSGeometry
• getCSGObjectByDomainType() : CSGeometry
• getCurve() : GeneralGlyph, ReactionGlyph, ReferenceGlyph, SpeciesReferenceGlyph
• getCurveElement() : RenderCurve
• getCurveExplicitlySet() : GeneralGlyph, ReactionGlyph, ReferenceGlyph, SpeciesReferenceGlyph
• getCurveSegment() : Curve
• getCVTerm() : SBase
• getCVTerms() : SBase
• getCX() : Ellipse
• getCx() : RadialGradient
• getCY() : Ellipse
• getCy() : RadialGradient
• getCZ() : Ellipse
• getCz() : RadialGradient
• getDashArray() : GraphicalPrimitive1D
• getDashByIndex() : GraphicalPrimitive1D
• getDataType() : ParametricObject, SampledField, SpatialPoints
• getDataTypeAsString() : ParametricObject, SampledField, SpatialPoints
• getDateAsString() : Date
• getDay() : Date
• getDefault_z() : DefaultValues
• getDefaultLevel() : CompExtension, DistribExtension, FbcExtension, GroupsExtension, LayoutExtension, MultiExtension, QualExtension, RenderExtension, SBMLDocument, SpatialExtension
• getDefaultPackageVersion() : CompExtension, DistribExtension, FbcExtension, GroupsExtension, LayoutExtension, MultiExtension, QualExtension, RenderExtension, SpatialExtension
• getDefaultProperties() : CobraToFbcConverter, CompFlatteningConverter, FbcToCobraConverter, FbcV1ToV2Converter, FbcV2ToV1Converter, RenderLayoutConverter, SBMLConverter, SBMLFunctionDefinitionConverter, SBMLIdConverter, SBMLInferUnitsConverter, SBMLInitialAssignmentConverter, SBMLLevel1Version1Converter, SBMLLevelVersionConverter, SBMLLocalParameterConverter, SBMLRateOfConverter, SBMLRateRuleConverter, SBMLReactionConverter, SBMLRuleConverter, SBMLStripPackageConverter, SBMLUnitsConverter
• getDefaultTerm() : ListOfFunctionTerms, Transition
• getDefaultValues() : ListOfGlobalRenderInformation, ListOfLocalRenderInformation
• getDefaultVersion() : CompExtension, DistribExtension, FbcExtension, GroupsExtension, LayoutExtension, MultiExtension, QualExtension, RenderExtension, SBMLDocument, SpatialExtension
• getDefinitionURL() : ASTNode, UncertParameter
• getDefinitionUrlByIndex() : DefinitionURLRegistry
• getDefinitionURLString() : ASTNode
• getDelay() : Event
• getDeletion() : ReplacedElement, Submodel
• getDenominator() : ASTNode, SpeciesReference
• getDepth() : Dimensions
• getDerivedUnitDefinition() : Compartment, Delay, EventAssignment, InitialAssignment, KineticLaw, LocalParameter, Parameter, Rule, Species, StoichiometryMath
• getDescription() : ConversionOption, ConversionProperties
• getDExplicitlySet() : Dimensions
• getDiffusionCoefficient() : SpatialParameterPlugin
• getDimensions() : BoundingBox, Layout
• getDimensionsExplicitlySet() : BoundingBox, Layout
• getDisabledPlugin() : SBase
• getDivider() : CompModelPlugin
• getDocument() : SBMLConverter, SBMLValidator
• getDomain() : Geometry
• getDomain1() : AdjacentDomains
• getDomain2() : AdjacentDomains
• getDomainByDomainType() : Geometry
• getDomainType() : AnalyticVolume, CompartmentMapping, CSGObject, Domain, Geometry, ParametricObject, SampledVolume
• getDoubleValue() : ConversionOption, ConversionProperties
• getElement() : Polygon, RenderCurve, RenderGroup
• getElementByMetaId() : AnalyticGeometry, CompModelPlugin, CompSBasePlugin, CompSBMLDocumentPlugin, CoordinateComponent, CSGeometry, CSGHomogeneousTransformation, CSGObject, CSGSetOperator, CSGTransformation, DistribSBasePlugin, Domain, Event, FbcModelPlugin, FbcSBasePlugin, GeneProductAssociation, Geometry, GlobalRenderInformation, GradientBase, Group, GroupsModelPlugin, KineticLaw, LineEnding, ListOf, ListOfGlobalRenderInformation, ListOfLocalRenderInformation, LocalRenderInformation, MixedGeometry, Objective, ParametricGeometry, Polygon, Reaction, RenderCurve, RenderGroup, RenderInformationBase, SampledFieldGeometry, SBase, SBasePlugin, SBaseRef, SBMLDocument, SpatialCompartmentPlugin, SpatialModelPlugin, SpatialParameterPlugin, Style, Submodel, Transition, Uncertainty, UncertParameter, UnitDefinition, UserDefinedConstraint
• getElementBySId() : AnalyticGeometry, CompModelPlugin, CompSBasePlugin, CompSBMLDocumentPlugin, CoordinateComponent, CSGeometry, CSGHomogeneousTransformation, CSGObject, CSGSetOperator, CSGTransformation, DistribSBasePlugin, Domain, Event, FbcModelPlugin, FbcSBasePlugin, GeneProductAssociation, Geometry, GlobalRenderInformation, GradientBase, Group, GroupsModelPlugin, KineticLaw, LineEnding, ListOf, ListOfEventAssignments, ListOfGlobalRenderInformation, ListOfInitialAssignments, ListOfLocalParameters, ListOfLocalRenderInformation, ListOfPorts, ListOfRules, ListOfUnitDefinitions, LocalRenderInformation, MixedGeometry, Objective, ParametricGeometry, Polygon, Reaction, RenderCurve, RenderGroup, RenderInformationBase, SampledFieldGeometry, SBase, SBasePlugin, SBaseRef, SBMLDocument, SpatialCompartmentPlugin, SpatialModelPlugin, SpatialParameterPlugin, Style, Submodel, Transition, Uncertainty, UncertParameter, UnitDefinition, UserDefinedConstraint
• getElementName() : AdjacentDomains, AdvectionCoefficient, AnalyticGeometry, AnalyticVolume, Association, BindingSiteSpeciesType, Boundary, BoundaryCondition, BoundingBox, ColorDefinition, Compartment, CompartmentGlyph, CompartmentMapping, CompartmentReference, CompartmentType, Constraint, CoordinateComponent, CSGeometry, CSGHomogeneousTransformation, CSGNode, CSGObject, CSGPrimitive, CSGRotation, CSGScale, CSGSetOperator, CSGTransformation, CSGTranslation, CubicBezier, Curve, DefaultTerm, DefaultValues, Delay, Deletion, DiffusionCoefficient, Dimensions, DistribBase, Domain, DomainType, Ellipse, Event, EventAssignment, ExternalModelDefinition, FbcAnd, FbcAssociation, FbcOr, FluxBound, FluxObjective, FunctionDefinition, FunctionTerm, GeneAssociation, GeneProduct, GeneProductAssociation, GeneProductRef, GeneralGlyph, Geometry, GeometryDefinition, GlobalRenderInformation, GlobalStyle, GradientBase, GradientStop, GraphicalObject, GraphicalPrimitive2D, Group, Image, InitialAssignment, Input, InSpeciesTypeBond, InteriorPoint, IntraSpeciesReaction, KeyValuePair, KineticLaw, Layout, LinearGradient, LineEnding, LineSegment, ListOf, ListOfAdjacentDomains, ListOfAnalyticVolumes, ListOfColorDefinitions, ListOfCompartmentGlyphs, ListOfCompartmentReferences, ListOfCompartments, ListOfCompartmentTypes, ListOfConstraints, ListOfCoordinateComponents, ListOfCSGNodes, ListOfCSGObjects, ListOfCurveElements, ListOfDeletions, ListOfDomains, ListOfDomainTypes, ListOfDrawables, ListOfEventAssignments, ListOfEvents, ListOfExternalModelDefinitions, ListOfFbcAssociations, ListOfFluxBounds, ListOfFluxObjectives, ListOfFunctionDefinitions, ListOfFunctionTerms, ListOfGeneAssociations, ListOfGeneProducts, ListOfGeometryDefinitions, ListOfGlobalRenderInformation, ListOfGlobalStyles, ListOfGradientDefinitions, ListOfGradientStops, ListOfGraphicalObjects, ListOfGroups, ListOfInitialAssignments, ListOfInputs, ListOfInSpeciesTypeBonds, ListOfInteriorPoints, ListOfKeyValuePairs, ListOfLayouts, ListOfLineEndings, ListOfLineSegments, ListOfLocalParameters, ListOfLocalRenderInformation, ListOfLocalStyles, ListOfMembers, ListOfModelDefinitions, ListOfMultiSpeciesTypes, ListOfObjectives, ListOfOrdinalMappings, ListOfOutputs, ListOfOutwardBindingSites, ListOfParameters, ListOfParametricObjects, ListOfPorts, ListOfPossibleSpeciesFeatureValues, ListOfQualitativeSpecies, ListOfReactionGlyphs, ListOfReactions, ListOfReferenceGlyphs, ListOfReplacedElements, ListOfRules, ListOfSampledFields, ListOfSampledVolumes, ListOfSpecies, ListOfSpeciesFeatures, ListOfSpeciesFeatureTypes, ListOfSpeciesFeatureValues, ListOfSpeciesGlyphs, ListOfSpeciesReferenceGlyphs, ListOfSpeciesReferences, ListOfSpeciesTypeComponentIndexes, ListOfSpeciesTypeComponentMapInProducts, ListOfSpeciesTypeInstances, ListOfSpeciesTypes, ListOfSubmodels, ListOfTextGlyphs, ListOfTransitions, ListOfUncertainties, ListOfUncertParameters, ListOfUnitDefinitions, ListOfUnits, ListOfUserDefinedConstraintComponents, ListOfUserDefinedConstraints, LocalParameter, LocalRenderInformation, LocalStyle, Member, MixedGeometry, ModelDefinition, ModifierSpeciesReference, MultiSpeciesType, Objective, OrdinalMapping, Output, OutwardBindingSite, Parameter, ParametricGeometry, ParametricObject, Point, Polygon, Port, PossibleSpeciesFeatureValue, Priority, QualitativeSpecies, RadialGradient, Reaction, ReactionGlyph, Rectangle, ReferenceGlyph, RenderCubicBezier, RenderCurve, RenderGroup, RenderPoint, ReplacedBy, ReplacedElement, Rule, SampledField, SampledFieldGeometry, SampledVolume, SBase, SBaseExtensionPoint, SBaseRef, SBMLDocument, SpatialPoints, SpatialSymbolReference, Species, SpeciesFeature, SpeciesFeatureType, SpeciesFeatureValue, SpeciesGlyph, SpeciesReference, SpeciesReferenceGlyph, SpeciesType, SpeciesTypeComponentIndex, SpeciesTypeComponentMapInProduct, SpeciesTypeInstance, StoichiometryMath, Style, SubListOfSpeciesFeatures, Submodel, Text, TextGlyph, Transformation2D, Transformation, TransformationComponent, Transition, Trigger, Uncertainty, UncertParameter, UncertSpan, Unit, UnitDefinition, UserDefinedConstraint, UserDefinedConstraintComponent
• getElementNamespace() : SBasePlugin
• getEmail() : ModelCreator
• getEnableRotationalMapping() : DefaultValues, LineEnding
• getEncoding() : XMLInputStream
• getEnd() : LineSegment
• getEndHead() : DefaultValues, RenderCurve, RenderGroup
• getError() : SBMLDocument, SBMLErrorLog, XMLErrorLog
• getErrorId() : XMLError
• getErrorIdOffset() : XMLError
• getErrorLog() : SBMLDocument, SBMLValidator, XMLInputStream
• getErrorWithSeverity() : SBMLDocument, SBMLErrorLog
• getEventAssignment() : Event
• getExponent() : ASTNode, Unit
• getExponentAsDouble() : Unit
• getExtension() : SBMLExtensionRegistry
• getExtensionInternal() : SBMLExtensionRegistry
• getExtentConversionFactor() : Submodel
• getExternalModelDefinition() : CompSBMLDocumentPlugin
• getFailure() : SBMLValidator
• getFailures() : SBMLValidator, Validator
• getFamilyName() : ModelCreator
• getFast() : Reaction
• getFill() : DefaultValues, GraphicalPrimitive2D
• getFillColor() : GraphicalPrimitive2D
• getFillRule() : DefaultValues, GraphicalPrimitive2D
• getFillRuleAsString() : DefaultValues, GraphicalPrimitive2D
• getFloatValue() : ConversionOption, ConversionProperties
• getFluxBound() : FbcModelPlugin
• getFluxBoundOperation() : FluxBound
• getFluxBoundsForReaction() : FbcModelPlugin
• getFluxObjective() : Objective
• getFocalPointX() : RadialGradient
• getFocalPointY() : RadialGradient
• getFocalPointZ() : RadialGradient
• getFontFamily() : DefaultValues, RenderGroup, Text
• getFontSize() : DefaultValues, RenderGroup, Text
• getFontStyle() : DefaultValues, RenderGroup, Text
• getFontStyleAsString() : DefaultValues, RenderGroup, Text
• getFontWeight() : DefaultValues, RenderGroup, Text
• getFontWeightAsString() : DefaultValues, RenderGroup, Text
• getFormula() : KineticLaw, Rule
• getForwardTransformation() : CSGHomogeneousTransformation
• getFunctionTerm() : Transition
• getFunctionType() : AnalyticVolume
• getFunctionTypeAsString() : AnalyticVolume
• getFx() : RadialGradient
• getFy() : RadialGradient
• getFz() : RadialGradient
• getGeneAssociation() : FbcModelPlugin
• getGeneProduct() : FbcModelPlugin, GeneProductRef
• getGeneProductAssociation() : FbcReactionPlugin
• getGeneProductByLabel() : FbcModelPlugin
• getGeneralGlyph() : Layout
• getGeometry() : SpatialModelPlugin
• getGeometryDefinition() : Geometry, MixedGeometry, OrdinalMapping
• getGivenName() : ModelCreator
• getGlobalStyle() : GlobalRenderInformation
• getGlyphId() : ReferenceGlyph
• getGradientDefinition() : RenderInformationBase
• getGradientStop() : GradientBase
• getGraphicalObjectId() : TextGlyph
• getGreen() : ColorDefinition
• getGroup() : GroupsModelPlugin, LineEnding, Style
• getHasOnlySubstanceUnits() : Species
• getHeight() : Dimensions, Image, Rectangle
• getHost() : SBMLUri
• getHour() : Date
• getHoursOffset() : Date
• getHref() : Image
• getId() : AdjacentDomains, AnalyticVolume, ASTNode, Boundary, BoundingBox, ColorDefinition, Compartment, CompartmentMapping, CompartmentReference, CompartmentType, CoordinateComponent, CSGNode, CSGObject, Deletion, Dimensions, DistribBase, Domain, DomainType, Event, EventAssignment, ExternalModelDefinition, FluxBound, FluxObjective, FunctionDefinition, GeneAssociation, GeneProduct, GeneProductAssociation, GeneProductRef, Geometry, GeometryDefinition, GradientBase, GraphicalObject, GraphicalPrimitive1D, Group, Image, InitialAssignment, Input, InSpeciesTypeBond, KeyValuePair, Layout, LineEnding, ListOfMembers, Member, MultiSpeciesType, Objective, Output, OutwardBindingSite, Parameter, ParametricObject, Point, Port, PossibleSpeciesFeatureValue, QualitativeSpecies, Reaction, RenderInformationBase, Rule, SampledField, SampledVolume, SBase, SimpleSpeciesReference, SpatialPoints, Species, SpeciesFeature, SpeciesFeatureType, SpeciesType, SpeciesTypeComponentIndex, SpeciesTypeComponentMapInProduct, SpeciesTypeInstance, Style, SubListOfSpeciesFeatures, Submodel, Transition, UnitDefinition, UserDefinedConstraint, UserDefinedConstraintComponent, VConstraint
• getIdAttribute() : SBase
• getIdentifyingParent() : SpeciesTypeComponentIndex
• getIdentityMatrix() : Transformation
• getIdentityMatrix2D() : Transformation2D
• getIdList() : LocalStyle
• getIdRef() : Member, SBaseRef
• getImageReference() : Image
• getIndex() : XMLAttributes, XMLNamespaces, XMLNode
• getIndexByPrefix() : XMLNamespaces
• getIndexForReferenceGlyph() : GeneralGlyph
• getIndexForSpeciesReferenceGlyph() : ReactionGlyph
• getIndexForSubGlyph() : GeneralGlyph
• getInitialAmount() : Species
• getInitialConcentration() : Species
• getInitialLevel() : QualitativeSpecies
• getInitialValue() : Trigger
• getInput() : Transition
• getInputBySpecies() : Transition
• getInSpeciesTypeBond() : MultiSpeciesType
• getInstance() : CallbackRegistry, DefinitionURLRegistry, SBMLConverterRegistry, SBMLExtensionRegistry, SBMLResolverRegistry
• getInstantiation() : Submodel
• getInteger() : ASTNode
• getInteriorPoint() : Domain
• getInterpolationType() : SampledField
• getInterpolationTypeAsString() : SampledField
• getIntValue() : ConversionOption, ConversionProperties
• getIsActive() : GeometryDefinition
• getIsEnabledRotationalMapping() : LineEnding
• getIsLocal() : SpatialReactionPlugin
• getIsSpatial() : SpatialSpeciesPlugin
• getIsType() : MultiCompartmentPlugin
• getItemTypeCode() : ListOf, ListOfAdjacentDomains, ListOfAnalyticVolumes, ListOfColorDefinitions, ListOfCompartmentGlyphs, ListOfCompartmentReferences, ListOfCompartments, ListOfCompartmentTypes, ListOfConstraints, ListOfCoordinateComponents, ListOfCSGNodes, ListOfCSGObjects, ListOfCurveElements, ListOfDeletions, ListOfDomains, ListOfDomainTypes, ListOfDrawables, ListOfEventAssignments, ListOfEvents, ListOfExternalModelDefinitions, ListOfFbcAssociations, ListOfFluxBounds, ListOfFluxObjectives, ListOfFunctionDefinitions, ListOfFunctionTerms, ListOfGeneAssociations, ListOfGeneProducts, ListOfGeometryDefinitions, ListOfGlobalRenderInformation, ListOfGlobalStyles, ListOfGradientDefinitions, ListOfGradientStops, ListOfGraphicalObjects, ListOfGroups, ListOfInitialAssignments, ListOfInputs, ListOfInSpeciesTypeBonds, ListOfInteriorPoints, ListOfKeyValuePairs, ListOfLayouts, ListOfLineEndings, ListOfLineSegments, ListOfLocalParameters, ListOfLocalRenderInformation, ListOfLocalStyles, ListOfMembers, ListOfModelDefinitions, ListOfMultiSpeciesTypes, ListOfObjectives, ListOfOrdinalMappings, ListOfOutputs, ListOfOutwardBindingSites, ListOfParameters, ListOfParametricObjects, ListOfPorts, ListOfPossibleSpeciesFeatureValues, ListOfQualitativeSpecies, ListOfReactionGlyphs, ListOfReactions, ListOfReferenceGlyphs, ListOfReplacedElements, ListOfRules, ListOfSampledFields, ListOfSampledVolumes, ListOfSpecies, ListOfSpeciesFeatures, ListOfSpeciesFeatureTypes, ListOfSpeciesFeatureValues, ListOfSpeciesGlyphs, ListOfSpeciesReferenceGlyphs, ListOfSpeciesReferences, ListOfSpeciesTypeComponentIndexes, ListOfSpeciesTypeComponentMapInProducts, ListOfSpeciesTypeInstances, ListOfSpeciesTypes, ListOfSubmodels, ListOfTextGlyphs, ListOfTransitions, ListOfUncertainties, ListOfUncertParameters, ListOfUnitDefinitions, ListOfUnits, ListOfUserDefinedConstraintComponents, ListOfUserDefinedConstraints, SubListOfSpeciesFeatures
• getKey() : ConversionOption, KeyValuePair
• getKeyValuePair() : FbcSBasePlugin
• getKind() : Group, Unit
• getKindAsString() : Group
• getKineticLaw() : Reaction
• getL1TypeCode() : Rule
• getLabel() : GeneProduct
• getLayout() : LayoutModelPlugin
• getLeftChild() : ASTNode
• getLength() : XMLAttributes, XMLNamespaces
• getLevel() : CompExtension, DistribExtension, FbcExtension, GroupsExtension, LayoutExtension, MultiExtension, QualExtension, RenderExtension, SBase, SBasePlugin, SBMLExtension, SBMLNamespaces, SpatialExtension
• getLibraryName() : XMLOutputStream
• getLibraryVersion() : XMLOutputStream
• getLine() : SBase, XMLError, XMLToken
• getLinearGradient_x1() : DefaultValues
• getLinearGradient_x2() : DefaultValues
• getLinearGradient_y1() : DefaultValues
• getLinearGradient_y2() : DefaultValues
• getLinearGradient_z1() : DefaultValues
• getLinearGradient_z2() : DefaultValues
• getLineEnding() : RenderInformationBase
• getListCreators() : ModelHistory
• getListModifiedDates() : ModelHistory
• getListNestedCVTerms() : CVTerm
• getListOfAdditionalGraphicalObjects() : Layout
• getListOfAdjacentDomains() : Geometry
• getListOfAnalyticVolumes() : AnalyticGeometry
• getListOfAssociations() : FbcAnd, FbcOr
• getListOfColorDefinitions() : RenderInformationBase
• getListOfCompartmentGlyphs() : Layout
• getListOfCompartmentReferences() : MultiCompartmentPlugin
• getListOfCoordinateComponents() : Geometry
• getListOfCSGNodes() : CSGSetOperator
• getListOfCSGObjects() : CSGeometry
• getListOfCurveSegments() : Curve
• getListOfDeletions() : Submodel
• getListOfDomains() : Geometry
• getListOfDomainTypes() : Geometry
• getListOfElements() : Polygon, RenderCurve, RenderGroup
• getListOfEventAssignments() : Event
• getListOfExternalModelDefinitions() : CompSBMLDocumentPlugin
• getListOfFluxBounds() : FbcModelPlugin
• getListOfFluxObjectives() : Objective
• getListOfFunctionTerms() : Transition
• getListOfGeneAssociations() : FbcModelPlugin
• getListOfGeneProducts() : FbcModelPlugin
• getListOfGeometryDefinitions() : Geometry, MixedGeometry
• getListOfGlobalRenderInformation() : RenderListOfLayoutsPlugin
• getListOfGlobalStyles() : GlobalRenderInformation
• getListOfGradientDefinitions() : RenderInformationBase
• getListOfGradientStops() : GradientBase
• getListOfGroups() : GroupsModelPlugin
• getListOfInputs() : Transition
• getListOfInSpeciesTypeBonds() : MultiSpeciesType
• getListOfInteriorPoints() : Domain
• getListOfKeyValuePairs() : FbcSBasePlugin
• getListOfLayouts() : LayoutModelPlugin
• getListOfLineEndings() : RenderInformationBase
• getListOfLocalParameters() : KineticLaw
• getListOfLocalRenderInformation() : RenderLayoutPlugin
• getListOfLocalStyles() : LocalRenderInformation
• getListOfMembers() : Group
• getListOfModelDefinitions() : CompSBMLDocumentPlugin
• getListOfModifiers() : Reaction
• getListOfMultiSpeciesTypes() : MultiModelPlugin
• getListOfNodes() : ASTNode
• getListOfObjectives() : FbcModelPlugin
• getListOfOrdinalMappings() : MixedGeometry
• getListOfOutputs() : Transition
• getListOfOutwardBindingSites() : MultiSpeciesPlugin
• getListOfParameters() : KineticLaw
• getListOfParametricObjects() : ParametricGeometry
• getListOfPorts() : CompModelPlugin
• getListOfPossibleSpeciesFeatureValues() : SpeciesFeatureType
• getListOfProducts() : Reaction
• getListOfReactants() : Reaction
• getListOfReactionGlyphs() : Layout
• getListOfReferenceGlyphs() : GeneralGlyph
• getListOfReplacedElements() : CompSBasePlugin
• getListOfSampledFields() : Geometry
• getListOfSampledVolumes() : SampledFieldGeometry
• getListOfSpeciesFeatures() : MultiSpeciesPlugin
• getListOfSpeciesFeatureTypes() : MultiSpeciesType
• getListOfSpeciesFeatureValues() : SpeciesFeature
• getListOfSpeciesGlyphs() : Layout
• getListOfSpeciesReferenceGlyphs() : ReactionGlyph
• getListOfSpeciesTypeComponentIndexes() : MultiSpeciesType
• getListOfSpeciesTypeComponentMapInProducts() : MultiSpeciesReferencePlugin
• getListOfSpeciesTypeInstances() : MultiSpeciesType
• getListOfStyles() : GlobalRenderInformation, LocalRenderInformation
• getListOfSubGlyphs() : GeneralGlyph
• getListOfSubmodels() : CompModelPlugin
• getListOfTextGlyphs() : Layout
• getListOfUncertainties() : DistribSBasePlugin
• getListOfUncertParameters() : Uncertainty, UncertParameter
• getListOfUnits() : UnitDefinition
• getListOfUserDefinedConstraintComponents() : UserDefinedConstraint
• getListOfUserDefinedConstraints() : FbcModelPlugin
• getLocalParameter() : KineticLaw
• getLocalStyle() : LocalRenderInformation
• getLocationURI() : SBMLDocument
• getLowerBound() : UserDefinedConstraint
• getLowerFluxBound() : FbcReactionPlugin
• getMajorVersion() : ListOfGlobalRenderInformation, ListOfLocalRenderInformation
• getMantissa() : ASTNode
• getMath() : AnalyticVolume, Constraint, Delay, EventAssignment, FunctionDefinition, FunctionTerm, InitialAssignment, KineticLaw, Priority, Rule, StoichiometryMath, Trigger, UncertParameter
• getMathNotSupportedFlag() : SBMLRateRuleConverter
• getMatrix() : Transformation
• getMatrix2D() : Transformation2D
• getMaxLevel() : QualitativeSpecies
• getMaxValue() : SampledVolume
• getMd5() : ExternalModelDefinition
• getMember() : Group
• getMemberByIdRef() : Group
• getMessage() : Constraint, FbcExtension, XMLError
• getMessageString() : Constraint
• getMetaId() : SBase
• getMetaIdRef() : GraphicalObject, Member, SBaseRef
• getMinorVersion() : ListOfGlobalRenderInformation, ListOfLocalRenderInformation
• getMinute() : Date
• getMinutesOffset() : Date
• getMinValue() : SampledVolume
• getModel() : CompSBMLDocumentPlugin, L3ParserSettings, SBase, SBMLDocument, SBMLValidator
• getModelDefinition() : CompSBMLDocumentPlugin
• getModelHistory() : SBase
• getModelQualifierType() : CVTerm
• getModelRef() : ExternalModelDefinition, Submodel
• getModifiedDate() : ModelHistory, SBase
• getModifier() : Reaction
• getModifiers() : SBMLRateRuleConverter
• getMonth() : Date
• getMultiplier() : Unit
• getMultiSpeciesType() : MultiModelPlugin
• getName() : AdjacentDomains, AnalyticVolume, ASTNode, Boundary, ColorDefinition, Compartment, CompartmentMapping, CompartmentReference, CompartmentType, CompExtension, CoordinateComponent, CSGNode, CSGObject, Deletion, DistribBase, DistribExtension, Domain, DomainType, Event, ExternalModelDefinition, FbcExtension, FluxBound, FluxObjective, FunctionDefinition, GeneProduct, GeneProductAssociation, GeneProductRef, GeometryDefinition, GradientBase, Group, GroupsExtension, Input, InSpeciesTypeBond, KeyValuePair, Layout, LayoutExtension, ListOfMembers, Member, ModelCreator, MultiExtension, MultiSpeciesType, Objective, Output, OutwardBindingSite, Parameter, ParametricObject, Port, PossibleSpeciesFeatureValue, QualExtension, QualitativeSpecies, Reaction, RenderExtension, RenderInformationBase, SampledField, SampledVolume, SBase, SBMLConverter, SBMLExtension, SimpleSpeciesReference, SpatialExtension, SpatialPoints, Species, SpeciesFeature, SpeciesFeatureType, SpeciesType, SpeciesTypeComponentIndex, SpeciesTypeComponentMapInProduct, SpeciesTypeInstance, Style, SubListOfSpeciesFeatures, Submodel, Transformation, Transition, UnitDefinition, UserDefinedConstraint, UserDefinedConstraintComponent, XMLAttributes, XMLToken, XMLTriple
• getNamespaceIndex() : XMLToken
• getNamespaceIndexByPrefix() : XMLToken
• getNamespacePrefix() : XMLToken
• getNamespaces() : SBase, SBMLDocument, SBMLNamespaces, XMLToken
• getNamespacesLength() : XMLToken
• getNamespaceURI() : XMLToken
• getNegDer() : SBMLRateRuleConverter
• getNestedCVTerm() : CVTerm
• getNotes() : SBase
• getNotesString() : SBase
• getNumAdditionalGraphicalObjects() : Layout
• getNumAdjacentDomains() : Geometry, ListOfAdjacentDomains
• getNumAnalyticVolumes() : AnalyticGeometry, ListOfAnalyticVolumes
• getNumArguments() : FunctionDefinition
• getNumAssociations() : Association, FbcAnd, FbcOr
• getNumASTPlugins() : SBMLExtensionRegistry
• getNumAttributes() : XMLAttributes
• getNumCallbacks() : CallbackRegistry
• getNumChildren() : ASTNode, XMLNode
• getNumColorDefinitions() : ListOfColorDefinitions, RenderInformationBase
• getNumCompartmentGlyphs() : Layout
• getNumCompartmentReferences() : MultiCompartmentPlugin
• getNumConverters() : SBMLConverterRegistry
• getNumCoordinateComponents() : Geometry, ListOfCoordinateComponents
• getNumCreators() : ModelHistory
• getNumCSGNodes() : CSGSetOperator, ListOfCSGNodes
• getNumCSGObjects() : CSGeometry, ListOfCSGObjects
• getNumCurveSegments() : Curve
• getNumCVTerms() : SBase
• getNumDashes() : GraphicalPrimitive1D
• getNumDefinitionURLs() : DefinitionURLRegistry
• getNumDeletions() : Submodel
• getNumDisabledPlugins() : SBase
• getNumDomains() : Geometry, ListOfDomains
• getNumDomainTypes() : Geometry, ListOfDomainTypes
• getNumElements() : Polygon, RenderCurve, RenderGroup
• getNumerator() : ASTNode
• getNumericValue() : PossibleSpeciesFeatureValue
• getNumErrors() : SBMLDocument, XMLErrorLog
• getNumEventAssignments() : Event
• getNumExtension() : SBMLExtensionRegistry
• getNumExternalModelDefinitions() : CompSBMLDocumentPlugin
• getNumFailsWithSeverity() : SBMLErrorLog
• getNumFailures() : SBMLValidator
• getNumFbcAssociations() : ListOfFbcAssociations
• getNumFluxBounds() : FbcModelPlugin
• getNumFluxObjectives() : ListOfFluxObjectives, Objective
• getNumFunctionTerms() : Transition
• getNumGeneAssociations() : FbcModelPlugin
• getNumGeneProducts() : FbcModelPlugin, ListOfGeneProducts
• getNumGeneralGlyphs() : Layout
• getNumGeometryDefinitions() : Geometry, ListOfGeometryDefinitions, MixedGeometry
• getNumGlobalRenderInformation() : ListOfGlobalRenderInformation
• getNumGlobalRenderInformationObjects() : RenderListOfLayoutsPlugin
• getNumGlobalStyles() : GlobalRenderInformation, ListOfGlobalStyles
• getNumGradientBases() : ListOfGradientDefinitions
• getNumGradientDefinitions() : RenderInformationBase
• getNumGradientStops() : GradientBase, ListOfGradientStops
• getNumGroups() : GroupsModelPlugin, ListOfGroups
• getNumIds() : LocalStyle
• getNumInputs() : Transition
• getNumInSpeciesTypeBonds() : MultiSpeciesType
• getNumInteriorPoints() : Domain, ListOfInteriorPoints
• getNumKeyValuePairs() : FbcSBasePlugin, ListOfKeyValuePairs
• getNumLayouts() : LayoutModelPlugin
• getNumLineEndings() : ListOfLineEndings, RenderInformationBase
• getNumLocalParameters() : KineticLaw
• getNumLocalRenderInformation() : ListOfLocalRenderInformation
• getNumLocalRenderInformationObjects() : RenderLayoutPlugin
• getNumLocalStyles() : ListOfLocalStyles, LocalRenderInformation
• getNumMembers() : Group, ListOfMembers
• getNumModelDefinitions() : CompSBMLDocumentPlugin
• getNumModifiedDates() : ModelHistory, SBase
• getNumModifiers() : Reaction
• getNumMultiSpeciesTypes() : MultiModelPlugin
• getNumNamespaces() : XMLNamespaces
• getNumNestedCVTerms() : CVTerm
• getNumObjectives() : FbcModelPlugin, ListOfObjectives
• getNumOfSBasePlugins() : SBMLExtension
• getNumOfSupportedPackageURI() : SBasePluginCreatorBase, SBMLExtension
• getNumOptions() : ConversionProperties
• getNumOrdinalMappings() : ListOfOrdinalMappings, MixedGeometry
• getNumOutputs() : Transition
• getNumOutwardBindingSites() : MultiSpeciesPlugin
• getNumParameters() : KineticLaw
• getNumParametricObjects() : ListOfParametricObjects, ParametricGeometry
• getNumPlugins() : SBase
• getNumPorts() : CompModelPlugin
• getNumPossibleSpeciesFeatureValues() : SpeciesFeatureType
• getNumProducts() : Reaction
• getNumReactants() : Reaction
• getNumReactionGlyphs() : Layout
• getNumReferenceGlyphs() : GeneralGlyph
• getNumReferents() : ReplacedElement, SBaseRef
• getNumRegisteredPackages() : SBMLExtensionRegistry
• getNumRenderPoints() : ListOfCurveElements
• getNumReplacedElements() : CompSBasePlugin
• getNumResolvers() : SBMLResolverRegistry
• getNumResources() : CVTerm
• getNumRoles() : Style
• getNumSampledFields() : Geometry, ListOfSampledFields
• getNumSampledVolumes() : ListOfSampledVolumes, SampledFieldGeometry
• getNumSamples1() : SampledField
• getNumSamples2() : SampledField
• getNumSamples3() : SampledField
• getNumSemanticsAnnotations() : ASTNode
• getNumSpeciesFeatures() : ListOfSpeciesFeatures, MultiSpeciesPlugin, SubListOfSpeciesFeatures
• getNumSpeciesFeatureTypes() : MultiSpeciesType
• getNumSpeciesFeatureValues() : SpeciesFeature
• getNumSpeciesGlyphs() : Layout
• getNumSpeciesReferenceGlyphs() : ReactionGlyph
• getNumSpeciesTypeComponentIndexes() : MultiSpeciesType
• getNumSpeciesTypeComponentMapInProducts() : MultiSpeciesReferencePlugin
• getNumSpeciesTypeInstances() : MultiSpeciesType
• getNumStyles() : GlobalRenderInformation, LocalRenderInformation
• getNumSubGlyphs() : GeneralGlyph
• getNumSubListOfSpeciesFeatures() : ListOfSpeciesFeatures, MultiSpeciesPlugin
• getNumSubmodels() : CompModelPlugin
• getNumTextGlyphs() : Layout
• getNumTransformation2Ds() : ListOfDrawables
• getNumTypes() : Style
• getNumUncertainties() : DistribSBasePlugin, ListOfUncertainties
• getNumUncertParameters() : ListOfUncertParameters, Uncertainty, UncertParameter
• getNumUnits() : UnitDefinition
• getNumUserDefinedConstraintComponents() : ListOfUserDefinedConstraintComponents, UserDefinedConstraint
• getNumUserDefinedConstraints() : FbcModelPlugin, ListOfUserDefinedConstraints
• getObjective() : FbcModelPlugin
• getObjectiveType() : Objective
• getObjectRole() : RenderGraphicalObjectPlugin
• getOccur() : SpeciesFeature, SpeciesFeatureType
• getOde() : SBMLRateRuleConverter
• getOffset() : GradientStop, Unit
• getOperation() : FluxBound
• getOperationType() : CSGSetOperator
• getOperationTypeAsString() : CSGSetOperator
• getOperatorName() : ASTNode
• getOption() : ConversionProperties
• getOrder() : CompartmentGlyph
• getOrdinal() : AnalyticVolume, CSGObject, OrdinalMapping
• getOrdinalMapping() : MixedGeometry
• getOrdinalMappingByGeometryDefinition() : MixedGeometry
• getOrganisation() : ModelCreator
• getOrganization() : ModelCreator
• getOriginOfTextId() : TextGlyph
• getOutput() : Transition
• getOutputBySpecies() : Transition
• getOutputLevel() : Output
• getOutside() : Compartment
• getOutwardBindingSite() : MultiSpeciesPlugin
• getPackage() : XMLError
• getPackageCoreVersion() : SBase
• getPackageName() : CompBase, CompExtension, DistribExtension, FbcExtension, GroupsExtension, LayoutExtension, MultiExtension, QualExtension, RenderExtension, SBase, SBaseExtensionPoint, SBasePlugin, SBMLExtensionNamespaces< SBMLExtensionType >, SBMLNamespaces, SpatialExtension
• getPackageRequired() : SBMLDocument
• getPackageToStrip() : SBMLStripPackageConverter
• getPackageURI() : CompBase
• getPackageVersion() : CompBase, CompExtension, DistribExtension, FbcExtension, GroupsExtension, LayoutExtension, MultiExtension, QualExtension, RenderExtension, SBase, SBasePlugin, SBMLExtension, SBMLExtensionNamespaces< SBMLExtensionType >, SpatialExtension
• getParameter() : KineticLaw
• getParametricObject() : ParametricGeometry
• getParametricObjectByDomainType() : ParametricGeometry
• getParentModel() : CompBase
• getParentSBMLObject() : ASTNode, SBase, SBasePlugin
• getParseAvogadroCsymbol() : L3ParserSettings
• getParseCollapseMinus() : L3ParserSettings
• getParseL3v2Functions() : L3ParserSettings
• getParseLog() : L3ParserSettings
• getParseModuloL3v2() : L3ParserSettings
• getParsePackageMath() : L3ParserSettings
• getParseUnits() : L3ParserSettings
• getPath() : SBMLUri
• getPersistent() : Trigger
• getPkgRequired() : SBMLDocument
• getPlugin() : SBase
• getPointIndex() : ParametricObject
• getPointIndexLength() : ParametricObject
• getPolygonType() : ParametricObject
• getPolygonTypeAsString() : ParametricObject
• getPort() : CompModelPlugin
• getPortRef() : SBaseRef
• getPosDer() : SBMLRateRuleConverter
• getPosition() : BoundingBox
• getPositionExplicitlySet() : BoundingBox
• getPossibleSpeciesFeatureValue() : SpeciesFeatureType
• getPrecedence() : ASTNode
• getPrefix() : SBase, SBasePlugin, XMLAttributes, XMLNamespaces, XMLToken, XMLTriple
• getPrefixedName() : XMLAttributes, XMLTriple
• getPrimitiveType() : CSGPrimitive
• getPrimitiveTypeAsString() : CSGPrimitive
• getPriority() : Event
• getProduct() : Reaction
• getProductComponent() : SpeciesTypeComponentMapInProduct
• getProducts() : SBMLRateRuleConverter
• getProgramName() : RenderInformationBase
• getProgramVersion() : RenderInformationBase
• getProperties() : SBMLConverter
• getQualifierType() : CVTerm
• getQualitativeSpecies() : Input, Output
• getQuery() : SBMLUri
• getR() : RadialGradient
• getRadialGradient_cx() : DefaultValues
• getRadialGradient_cy() : DefaultValues
• getRadialGradient_cz() : DefaultValues
• getRadialGradient_fx() : DefaultValues
• getRadialGradient_fy() : DefaultValues
• getRadialGradient_fz() : DefaultValues
• getRadialGradient_r() : DefaultValues
• getRadius() : RadialGradient
• getRadiusX() : Rectangle
• getRadiusY() : Rectangle
• getRatio() : Ellipse, Rectangle
• getReactant() : Reaction, SpeciesTypeComponentMapInProduct
• getReactantComponent() : SpeciesTypeComponentMapInProduct
• getReactants() : SBMLRateRuleConverter
• getReaction() : FluxBound, FluxObjective, GeneAssociation
• getReaction2() : FluxObjective
• getReactionGlyph() : Layout
• getReactionId() : ReactionGlyph
• getReal() : ASTNode
• getRed() : ColorDefinition
• getReference() : Association
• getReferencedElement() : SBaseRef
• getReferencedElementFrom() : ReplacedElement, SBaseRef
• getReferencedModel() : ExternalModelDefinition
• getReferenceGlyph() : GeneralGlyph
• getReferenceId() : GeneralGlyph, ReferenceGlyph
• getReferenceRenderInformation() : RenderInformationBase
• getReferenceRenderInformationId() : RenderInformationBase
• getRegisteredPackageName() : SBMLExtensionRegistry
• getRegisteredPackageNames() : SBMLExtensionRegistry
• getRelation() : SubListOfSpeciesFeatures
• getRelativeValue() : RelAbsVector
• getRenderInformation() : RenderLayoutPlugin, RenderListOfLayoutsPlugin
• getReplacedBy() : CompSBasePlugin
• getReplacedElement() : CompSBasePlugin
• getRepresentationType() : MultiASTPlugin
• getRequired() : SBMLDocumentPlugin
• getResolvedURI() : CompSBMLDocumentPlugin
• getResolverByIndex() : SBMLResolverRegistry
• getResourceBiologicalQualifier() : SBase
• getResourceModelQualifier() : SBase
• getResources() : CVTerm
• getResourceURI() : CVTerm
• getResultLevel() : DefaultTerm, FunctionTerm
• getReversible() : Reaction
• getRightChild() : ASTNode
• getRole() : ReferenceGlyph, SpeciesReferenceGlyph
• getRoleList() : Style
• getRoleString() : SpeciesReferenceGlyph
• getRotateAngleInRadians() : CSGRotation
• getRotateX() : CSGRotation
• getRotateY() : CSGRotation
• getRotateZ() : CSGRotation
• getRX() : Ellipse, Rectangle
• getRY() : Ellipse, Rectangle
• getSampledField() : Geometry, SampledFieldGeometry
• getSampledValue() : SampledVolume
• getSampledVolume() : SampledFieldGeometry
• getSampledVolumeByDomainType() : SampledFieldGeometry
• getSamples() : SampledField
• getSamplesLength() : SampledField
• getSBaseRef() : SBaseRef
• getSBMLDocument() : SBase, SBasePlugin
• getSBMLErrMsg() : SBMLConstructorException
• getSBMLExtensionNamespaces() : CompExtension, DistribExtension, FbcExtension, GroupsExtension, LayoutExtension, MultiExtension, QualExtension, RenderExtension, SBMLExtension, SpatialExtension
• getSBMLNamespaces() : XMLInputStream, XMLOutputStream
• getSBMLNamespaceURI() : SBMLNamespaces
• getSBOTerm() : SBase
• getSBOTermAsURL() : SBase
• getSBOTermID() : SBase
• getScale() : Unit
• getScaleX() : CSGScale
• getScaleY() : CSGScale
• getScaleZ() : CSGScale
• getScheme() : SBMLUri
• getSecond() : Date
• getSemanticsAnnotation() : ASTNode
• getSeverity() : FbcExtension, VConstraint, XMLError
• getSeverityAsString() : XMLError
• getSeverityOverride() : XMLErrorLog
• getShortMessage() : FbcExtension, XMLError
• getSign() : Input
• getSignOffset() : Date
• getSize() : Compartment, List
• getSource() : ExternalModelDefinition
• getSpatialDimensions() : Compartment, DomainType
• getSpatialDimensionsAsDouble() : Compartment
• getSpatialPoints() : ParametricGeometry
• getSpatialRef() : SpatialSymbolReference
• getSpatialSizeUnits() : Species
• getSpatialSymbolReference() : SpatialParameterPlugin
• getSpecies() : SimpleSpeciesReference
• getSpeciesFeature() : MultiSpeciesPlugin
• getSpeciesFeatureType() : MultiSpeciesType, SpeciesFeature
• getSpeciesFeatureValue() : SpeciesFeature
• getSpeciesGlyph() : Layout
• getSpeciesGlyphId() : SpeciesReferenceGlyph
• getSpeciesId() : SpeciesGlyph
• getSpeciesReference() : MultiASTPlugin
• getSpeciesReferenceGlyph() : ReactionGlyph
• getSpeciesReferenceId() : SpeciesReferenceGlyph
• getSpeciesType() : MultiSpeciesPlugin, Species, SpeciesTypeInstance
• getSpeciesTypeComponentIndex() : MultiSpeciesType
• getSpeciesTypeComponentMapInProduct() : MultiSpeciesReferencePlugin
• getSpeciesTypeInstance() : MultiSpeciesType
• getSpreadMethod() : DefaultValues, GradientBase
• getSpreadMethodAsString() : DefaultValues, GradientBase
• getSpreadMethodString() : GradientBase
• getStandardMessage() : XMLError
• getStart() : LineSegment
• getStartHead() : DefaultValues, RenderCurve, RenderGroup
• getStoichiometry() : SpeciesReference
• getStoichiometryMath() : SpeciesReference
• getStopColor() : GradientStop
• getStrict() : FbcModelPlugin, FbcV1ToV2Converter
• getStringFromTypeCode() : CompExtension, DistribExtension, FbcExtension, GroupsExtension, LayoutExtension, MultiExtension, QualExtension, RenderExtension, SBMLExtension, SpatialExtension
• getStroke() : DefaultValues, GraphicalPrimitive1D
• getStrokeDashArray() : GraphicalPrimitive1D
• getStrokeWidth() : DefaultValues, GraphicalPrimitive1D
• getStyle() : ASTNode, GlobalRenderInformation, LocalRenderInformation
• getSubGlyph() : GeneralGlyph
• getSubListOfSpeciesFeatures() : ListOfSpeciesFeatures, MultiSpeciesPlugin
• getSubmodel() : CompModelPlugin
• getSubmodelRef() : Replacing
• getSubstanceConversionFactor() : Submodel
• getSubstanceUnits() : KineticLaw, Species
• getSupportedNamespaces() : SBMLNamespaces
• getSupportedPackageURI() : SBasePluginCreatorBase, SBMLExtension
• getSymbol() : InitialAssignment
• getTargetExtensionPoint() : SBasePluginCreatorBase
• getTargetLevel() : SBMLLevelVersionConverter
• getTargetNamespaces() : ConversionProperties, SBMLConverter
• getTargetPackageName() : SBasePluginCreatorBase
• getTargetSBMLTypeCode() : SBasePluginCreatorBase
• getTargetVersion() : SBMLLevelVersionConverter
• getText() : Text, TextGlyph
• getTextAnchor() : DefaultValues, RenderGroup, Text
• getTextAnchorAsString() : DefaultValues, RenderGroup, Text
• getTextGlyph() : Layout
• getThresholdLevel() : Input
• getTimeConversionFactor() : Submodel
• getTimeUnits() : Event, KineticLaw
• getToFunctionDefinition() : SBMLRateOfConverter
• getTransform() : Transformation
• getTransformer() : CompModelPlugin
• getTransitionEffect() : Input, Output
• getTranslateX() : CSGTranslation
• getTranslateY() : CSGTranslation
• getTranslateZ() : CSGTranslation
• getTrigger() : Event
• getType() : Association, ASTNode, BoundaryCondition, ConversionOption, ConversionProperties, CoordinateComponent, DefinitionURLRegistry, DiffusionCoefficient, Objective, Rule, SpatialParameterPlugin, UncertParameter
• getTypeAsString() : BoundaryCondition, CoordinateComponent, DiffusionCoefficient, UncertParameter
• getTypeCode() : AdjacentDomains, AdvectionCoefficient, AnalyticGeometry, AnalyticVolume, Association, BindingSiteSpeciesType, Boundary, BoundaryCondition, BoundingBox, ColorDefinition, Compartment, CompartmentGlyph, CompartmentMapping, CompartmentReference, CompartmentType, Constraint, CoordinateComponent, CSGeometry, CSGHomogeneousTransformation, CSGNode, CSGObject, CSGPrimitive, CSGRotation, CSGScale, CSGSetOperator, CSGTransformation, CSGTranslation, CubicBezier, Curve, DefaultTerm, DefaultValues, Delay, Deletion, DiffusionCoefficient, Dimensions, DistribBase, Domain, DomainType, Ellipse, Event, EventAssignment, ExternalModelDefinition, FbcAnd, FbcAssociation, FbcOr, FluxBound, FluxObjective, FunctionDefinition, FunctionTerm, GeneAssociation, GeneProduct, GeneProductAssociation, GeneProductRef, GeneralGlyph, Geometry, GeometryDefinition, GlobalRenderInformation, GlobalStyle, GradientBase, GradientStop, GraphicalObject, GraphicalPrimitive1D, GraphicalPrimitive2D, Group, Image, InitialAssignment, Input, InSpeciesTypeBond, InteriorPoint, IntraSpeciesReaction, KeyValuePair, KineticLaw, Layout, LinearGradient, LineEnding, LineSegment, ListOf, ListOfAdjacentDomains, ListOfAnalyticVolumes, ListOfColorDefinitions, ListOfCompartmentReferences, ListOfCoordinateComponents, ListOfCSGNodes, ListOfCSGObjects, ListOfCurveElements, ListOfDomains, ListOfDomainTypes, ListOfDrawables, ListOfFbcAssociations, ListOfFluxObjectives, ListOfGeneProducts, ListOfGeometryDefinitions, ListOfGlobalRenderInformation, ListOfGlobalStyles, ListOfGradientDefinitions, ListOfGradientStops, ListOfGroups, ListOfInSpeciesTypeBonds, ListOfInteriorPoints, ListOfKeyValuePairs, ListOfLineEndings, ListOfLocalRenderInformation, ListOfLocalStyles, ListOfMembers, ListOfMultiSpeciesTypes, ListOfObjectives, ListOfOrdinalMappings, ListOfOutwardBindingSites, ListOfParametricObjects, ListOfPossibleSpeciesFeatureValues, ListOfSampledFields, ListOfSampledVolumes, ListOfSpeciesFeatures, ListOfSpeciesFeatureTypes, ListOfSpeciesFeatureValues, ListOfSpeciesTypeComponentIndexes, ListOfSpeciesTypeComponentMapInProducts, ListOfSpeciesTypeInstances, ListOfUncertainties, ListOfUncertParameters, ListOfUserDefinedConstraintComponents, ListOfUserDefinedConstraints, LocalParameter, LocalRenderInformation, LocalStyle, Member, MixedGeometry, ModelDefinition, ModifierSpeciesReference, MultiSpeciesType, Objective, OrdinalMapping, Output, OutwardBindingSite, Parameter, ParametricGeometry, ParametricObject, Point, Polygon, Port, PossibleSpeciesFeatureValue, Priority, QualitativeSpecies, RadialGradient, Reaction, ReactionGlyph, Rectangle, ReferenceGlyph, RenderCubicBezier, RenderCurve, RenderGroup, RenderInformationBase, RenderPoint, ReplacedBy, ReplacedElement, Rule, SampledField, SampledFieldGeometry, SampledVolume, SBase, SBaseExtensionPoint, SBaseRef, SBMLDocument, SpatialPoints, SpatialSymbolReference, Species, SpeciesFeature, SpeciesFeatureType, SpeciesFeatureValue, SpeciesGlyph, SpeciesReference, SpeciesReferenceGlyph, SpeciesType, SpeciesTypeComponentIndex, SpeciesTypeComponentMapInProduct, SpeciesTypeInstance, StoichiometryMath, Style, SubListOfSpeciesFeatures, Submodel, Text, TextGlyph, Transformation2D, Transformation, TransformationComponent, Transition, Trigger, Uncertainty, UncertParameter, UncertSpan, Unit, UnitDefinition, UserDefinedConstraint, UserDefinedConstraintComponent
• getTypeList() : Style
• getUncertainty() : DistribSBasePlugin
• getUncertParameter() : Uncertainty, UncertParameter
• getUncertParameterByType() : Uncertainty
• getUncertParameterByVar() : Uncertainty, UncertParameter
• getUncompressed() : ParametricObject, SampledField, SpatialPoints
• getUncompressedData() : ParametricObject, SampledField, SpatialPoints
• getUncompressedLength() : ParametricObject, SampledField, SpatialPoints
• getUnit() : CoordinateComponent, UnitDefinition
• getUnitDefinitionFromPackage() : DistribASTPlugin
• getUnitRef() : SBaseRef
• getUnits() : ASTNode, Compartment, Parameter, Rule, Species, UncertParameter
• getUnitSize() : CompartmentMapping
• getUpperBound() : UserDefinedConstraint
• getUpperFluxBound() : FbcReactionPlugin
• getURI() : CompExtension, DistribExtension, FbcExtension, GroupsExtension
• getUri() : KeyValuePair
• getURI() : LayoutExtension, MultiExtension, QualExtension, RenderExtension, SBase, SBasePlugin, SBMLExtension, SBMLExtensionNamespaces< SBMLExtensionType >, SBMLNamespaces
• getUri() : SBMLUri
• getURI() : SpatialExtension, XMLAttributes, XMLNamespaces, XMLToken, XMLTriple
• getUserData() : ASTNode, ElementFilter, SBase
• getUserDefinedConstraint() : FbcModelPlugin
• getUserDefinedConstraintByLowerBound() : FbcModelPlugin
• getUserDefinedConstraintByUpperBound() : FbcModelPlugin
• getUserDefinedConstraintComponent() : UserDefinedConstraint
• getUserDefinedConstraintComponentByVariable() : UserDefinedConstraint
• getUseValuesFromTriggerTime() : Event
• getValidityFlag() : SBMLLevelVersionConverter
• getValue() : ASTNode, Boundary, ColorDefinition, ConversionOption, ConversionProperties, FluxBound, KeyValuePair, Parameter, SpeciesFeatureValue, UncertParameter, XMLAttributes
• getValueLower() : UncertSpan
• getValueUpper() : UncertSpan
• getVar() : UncertParameter
• getVariable() : AdvectionCoefficient, BoundaryCondition, DiffusionCoefficient, EventAssignment, Rule, UserDefinedConstraintComponent
• getVariable2() : UserDefinedConstraintComponent
• getVariableType() : FluxObjective, UserDefinedConstraintComponent
• getVariableTypeAsString() : FluxObjective, UserDefinedConstraintComponent
• getVarLower() : UncertSpan
• getVarUpper() : UncertSpan
• getVersion() : CompExtension, DistribExtension, FbcExtension, GroupsExtension, LayoutExtension, MultiExtension, QualExtension, RenderExtension, SBase, SBasePlugin, SBMLExtension, SBMLNamespaces, SpatialExtension, XMLInputStream
• getVersionString() : ListOfGlobalRenderInformation, ListOfLocalRenderInformation
• getVolume() : Compartment
• getVTextAnchor() : DefaultValues, RenderGroup, Text
• getVTextAnchorAsString() : DefaultValues, RenderGroup, Text
• getWidth() : Dimensions, Image, Rectangle
• getWriteComment() : XMLOutputStream
• getWriteTimestamp() : XMLOutputStream
• getX() : Image, Rectangle, RenderPoint, Text
• getX1() : LinearGradient
• getX2() : LinearGradient
• getXmlns() : ListOfKeyValuePairs
• getXmlnsL2() : LayoutExtension, RenderExtension
• getXmlnsL3V1V1() : CompExtension, DistribExtension, FbcExtension, GroupsExtension, LayoutExtension, MultiExtension, QualExtension, RenderExtension, SpatialExtension
• getXmlnsL3V1V2() : FbcExtension
• getXmlnsL3V1V3() : FbcExtension
• getXmlnsXSI() : LayoutExtension
• getXOffset() : Point
• getXPoint1() : LinearGradient
• getXPoint2() : LinearGradient
• getY() : Image, Rectangle, RenderPoint, Text
• getY1() : LinearGradient
• getY2() : LinearGradient
• getYear() : Date
• getYOffset() : Point
• getYPoint1() : LinearGradient
• getYPoint2() : LinearGradient
• getZ() : Image, Rectangle, RenderPoint, Text
• getZ1() : LinearGradient
• getZ2() : LinearGradient
• getZOffset() : Point
• getZOffsetExplicitlySet() : Point
• getZPoint1() : LinearGradient
• getZPoint2() : LinearGradient
• GlobalRenderInformation() : GlobalRenderInformation
• GlobalStyle() : GlobalStyle
• GradientBase() : GradientBase, ListOfGradientStops
• GradientStop() : GradientStop
• GraphicalObject() : GraphicalObject
• GraphicalPrimitive1D() : GraphicalPrimitive1D
• GraphicalPrimitive2D() : GraphicalPrimitive2D
• Group() : Group
• GroupsExtension() : GroupsExtension
• GroupsModelPlugin() : GroupsModelPlugin
• GroupsSBMLDocumentPlugin() : GroupsSBMLDocumentPlugin
• GroupsValidator() : GroupsValidator